Félagasamtökin A og B kvörtuðu yfir staðfestingu umhverfisráðherra á stjórnunar- og verndaráætlun Vatnajökulsþjóðgarðs og því að stjórn Vatnajökulsþjóðgarðs og svæðisráð innan þjóðgarðsins hefðu hunsað félagasamtökin sem hagsmunaaðila við vinnslu áætlunarinnar, en félögin gerðu ýmsar athugasemdir við hana sem þau töldu ekki hafa verið sinnt af stjórninni eða ráðuneytinu.
Umboðsmaður Alþingis lauk umfjöllun sinni um kvörtunina með bréfi, dags. 30. september 2011, með vísan til 1. mgr. 10. gr. laga nr. 85/1997.
Umboðsmaður fékk ekki séð af kvörtuninni og gögnum málsins að með staðfestingu verndaráætlunarinnar hefðu verið teknar ákvarðanir um málefni A eða B sem teljast stjórnvaldsákvarðanir í skilningi 2. mgr. 1. gr. stjórnsýslulaga. Þar sem í lögum nr. 30/2007, um Vatnajökulsþjóðgarð, er ekki lögð skylda á stjórnvöld til að taka afstöðu til allra athugasemda sem þeim berast eða svara framkomnum athugasemdum taldi umboðsmaður enn fremur ekki forsendur til athugasemda um að málsmeðferð stjórnvaldanna hefði ekki samrýmst þeim lögum. Í því sambandi horfði umboðsmaður jafnframt til þess að í greinargerð ráðherra vegna staðfestingar á áætluninni var farið ítarlega yfir athugasemdir hagsmunaaðila og tekið fram að rétt væri að skoða tiltekin atriði nánar. Þá var tilmælum beint til stjórnar þjóðgarðsins um að skoða samgönguþátt verndunaráætlunarinnar sérstaklega og hafa samstarf við helstu hagsmuna- og umsagnaraðila. Enn fremur lá fyrir að stjórn þjóðgarðsins hafði brugðist við tilmælum ráðherra um frekara samráð um samgöngumál með tilteknum hætti. Umboðsmaður rakti hins vegar tiltekin ákvæði Árósasamningsins og gerði grein fyrir sjónarmiðum um vandaða stjórnsýsluhætti þegar löggjöf gerir ráð fyrir aðkomu almennings eða hagsmunaaðila að undirbúningi ákvörðunartöku og borgarar ákveða að nýta sér möguleika á að koma sjónarmiðum og upplýsingum á framfæri og verja til þess tíma og stundum fjármunum. Umboðsmaður tók fram að athugun sín á málinu hefði ekki leitt til þess að hann teldi tilefni til frekari umfjöllunar um þetta mál á þeim grundvelli en tók fram að fullgilding Árósarsamningsins af hálfu íslenskra stjórnvalda kynni að verða sér tilefni til að fjalla síðar um vandaða stjórnsýsluhætti á þessu sviði. Þá taldi umboðsmaður ekki ástæðu til að fjalla um ummæli í greinargerð ráðherra um það í hverju aðkoma hans að breytingum á stjórnunar- og verndaráætlun væri fólgin. Að lokum taldi umboðsmaður ekki ástæðu til að gera athugasemdir við að fulltrúar A og B hafi ekki fengið fund með umhverfisráðherra heldur verið boðið að funda með starfsmönnum umhverfisráðuneytisins. Umboðsmaður lauk umfjöllun sinni um kvörtunina.