A ehf. leitaði til umboðsmanns Alþingis með kvörtun sem beindist að virðisaukaskattdeild ríkisskattstjóra og Fjársýslu ríkisins vegna dráttar á útborgun á innskattsgreiðslum sem félagið kvaðst hafa átt rétt á í árslok 2009, sem og að ekki hefðu verið greiddir lögboðnir vextir af skattgreiðslunum þegar fallist var á kröfuna.
Umboðsmaður Alþingis lauk athugun sinni á málinu með bréfi, dags. 8. maí 2012, með vísan til 1. mgr. 10. gr. laga nr. 85/1997, um umboðsmann Alþingis.
Kvörtun A ehf. fylgdi bréf ríkisskattstjóra til fyrirtækisins þar sem fram kom að embættið hefði í hyggju, í samræmi við 1. og 2. mgr. 25. gr. laga nr. 50/1988, um virðisaukaskatt, að hafna viðbótarinnskattskröfu félagsins nema lögð yrði fram bankaábyrgð fyrir upphæðinni. Af gögnum málsins var hins vegar ekki ljóst hvort ríkisskattstjóri hefði kveðið upp úrskurð í málinu. Af því leiddi að umboðsmaður hafði ekki forsendur til að taka afstöðu til þess hvort úrskurðurinn væri kæranlegur til yfirskattanefndar samkvæmt 4. mgr. 29. gr. laga nr. 50/1988. Með vísan til 3. mgr. 6. gr. laga nr. 85/1997 taldi umboðsmaður sig ekki geta tekið mál A ehf. til athugunar að þessu leyti nema yfirskattanefnd hefði kveðið upp úrskurð í málinu innan ársfrests samkvæmt 2. mgr. 6. gr. laga nr. 85/1997. Umboðsmaður benti A ehf. jafnframt á að félagið gæti freistað þess að leita til fjármálaráðuneytisins vegna samskipta sinna við ríkisskattstjóra vegna vaxtakröfunnar, sbr. 47. gr. laga nr. 50/1988, og þeirra kvörtunaratriða sem beindust að Fjársýslu ríkisins, sbr. 48. gr. laga nr. 88/1997, um fjárreiður ríkisins. Teldi félagið úrlausn ráðuneytisins óviðunandi gæti það leitað til sín að nýju.