Hinn 12. mars 2012 leitaði A ehf. til umboðsmanns Alþingis og kvartaði yfir meðferð Umhverfisstofnunar á umsókn félagsins um starfsleyfi vegna atvinnurekstrar sem getur haft í för með sér mengun. Starfsleyfisumsóknin, sem var upphaflega send heilbrigðiseftirliti á tilteknu eftirlitssvæði en framsend þaðan til Umhverfisstofnunar, var dagsett 18. júní 2010.
Umboðsmaður Alþingis lauk athugun sinni á málinu með bréfi, dags. 21. maí 2012, með vísan til a-liðar 2. mgr. 10. gr. laga nr. 85/1997, um umboðsmann Alþingis.
Umboðsmaður tók málið til athugunar á þeim grundvelli að kvartað væri yfir töfum á meðferð umsóknarinnar. Í skýringum Umhverfisstofnunar til umboðsmanns kom fram að ákvörðun yrði að öllu óbreyttu tekin í vikunni 14.-18. maí 2012. Umboðsmaður taldi því ekki ástæðu til að aðhafast frekar í tilefni af kvörtuninni og lauk málinu. Hann tók þó fram að ef meðferð eða afgreiðsla málsins drægist frekar gæti félagið leitað til sín að nýju. Þá vakti hann athygli á því að samkvæmt 31. gr. laga nr. 7/1998, um hollustuhætti og mengunarvarnir, væri unnt að skjóta ágreiningi um framkvæmd laganna til úrskurðarnefndar umhverfis- og auðlindamála, sbr. lög nr. 130/2011, um úrskurðarnefnd umhverfis- og auðlindamála. Leiddi endanleg niðurstaða nefndarinnar ekki til viðunandi niðurstöðu fyrir A ehf. gæti félagið leitað til sín á nýjan leik.