A ehf. leitaði til umboðsmanns Alþingis með kvörtun sem beindist að matvælaráðuneytinu (síðar atvinnuvegaráðuneytinu) og laut að töfum á meðferð ráðuneytisins á stjórnsýslukæru félagsins. Kæran laut að ákvörðun Fiskistofu um að fella niður aflahlutdeild skips í eigu félagsins. Í kvörtuninni kom fram að ráðuneytið hefði ítrekað tilkynnt um fyrirsjáanlegar tafir og lýst fyrirætlunum um afgreiðslu málsins en þær hefðu ætíð brugðist.
Athugun umboðsmanns laut einkum að því hvort meðferð málsins, eftir að gagnaöflun lauk, hefði samrýmst málshraðareglu stjórnsýslulaga. Við mat á því leit umboðsmaður í fyrsta lagi til þess að málið hafði verið til meðferðar í ráðuneytinu í rúmt ár þegar gagnaöflun lauk. Ekki væri unnt að líta alfarið fram hjá því við heildstætt mat á afgreiðslutímanum. Í öðru lagi hefðu áætlanir um hvenær afgreiðslu málsins væri að vænta brugðist í 26 skipti sem benti til þess að málsmeðferð hefði dregist úr hófi. Í þriðja lagi gætu skýringar um að málið væri flókið, umfangsmikið og einstakt aðeins skýrt hinn langa afgreiðslutíma að hluta. Sama ætti við um annir í starfsemi ráðuneytisins. Í fjórða og síðasta lagi leiddu ríkir fjárhagslegir hagsmunir A ehf. af úrlausn málsins til þess að sérstök ástæða hefði verið til að hraða meðferð þess. Að teknu tilliti til alls þessa svo og að ekki varð séð að orsakir tafanna yrðu raktar til A ehf. taldi umboðsmaður afgreiðslutíma málsins ekki hafa verið í samræmi við málshraðareglu 9. gr. stjórnsýslulaga.
Umboðsmaður taldi jafnframt að skýringar ráðuneytisins á því hvers vegna áætlanir þess um afgreiðslu málsins hefðu brugðist svo oft væru ófullnægjandi. Hún taldi málsmeðferðina því ekki hafa verið í samræmi við efni og tilgang 3. mgr. 9. gr. stjórnsýslulaga að upplýsa skuli um hvenær ákvörðunar sé að vænta þegar tafir eru fyrirsjáanlegar. Þá benti hún á að í stórum hluta tilkynninga ráðuneytisins til A ehf. hefði úrskurður verið sagður í „lokafrágangi“. Í ljósi þess að ráðuneytið hafði einkum vísað til flækjustigs málsins í skýringum til umboðsmanns og hve lengi úrskurður hafði verið sagður í „lokafrágangi“ taldi umboðsmaður að ástæðum tafanna hefði verið lýst með ófullnægjandi hætti. Að lokum taldi umboðsmaður drátt á svörum til hennar aðfinnsluverðan og óútskýrðan.
Umboðsmaður beindi tilmælum til atvinnuvegaráðuneytisins um að hraða meðferð máls A ehf. og hafa þau sjónarmið, sem rakin væru í álitinu, í huga eftirleiðis. Einnig mæltist hún til þess að upplýsingagjöf og samskiptum ráðuneytisins við umboðsmann yrði hér eftir hagað þannig að umboðsmaður gæti rækt lögbundið hlutverk sitt og afgreitt mál innan hæfilegs tíma.
Umboðsmaður lauk málinu með áliti 25. september 2025.