B, héraðsdómslögmaður, kvartaði fyrir hönd A yfir því að sjávarútvegsráðuneytið hefði skort lagastoð til að setja 2. og 3. gr. reglugerðar nr. 718/2007, um breytingu á reglugerð nr. 439, 16. maí 2007, um úthlutun byggðakvóta til fiskiskipa á fiskveiðiárinu 2006/2007, með síðari breytingum. Taldi A að sú færsla á byggðakvóta milli fiskveiðiára sem þar væri heimiluð væri andstæð 11. gr. laga nr. 116/2006, um stjórn fiskveiða. Einnig tók A fram að hvorki í 11. gr. eða í öðrum ákvæðum laganna væri að finna heimild til að flytja byggðakvóta á milli fiskveiðiára. Þvert á móti kæmi fram í ákvæðum laganna um byggðakvóta að honum væri ráðstafað á hverju fiskveiðiári.
Athugun umboðsmanns beindist að því hvort ákvæði 2. og 3. gr. framangreindrar reglugerðar sem og 2. og 3. gr. reglugerðar nr. 1192/2007 um breytingu á reglugerð nr. 439/2007, sem fólu í sér heimild til að úthluta byggðakvóta, sem tilheyrði fiskveiðiárinu 2006/2007, á fiskveiðiárinu 2007/2008, hefðu átt lagastoð.
Umboðsmaður rakti ákvæði 10. gr. laga nr. 116/2006, með síðari breytingum sem og tiltekin ákvæði reglugerðar nr. 439/2007, um úthlutun byggðakvóta til fiskiskipa á fiskveiðiárinu 2006/2007 samkvæmt 2. tölul. 1. mgr. 10. gr. laga nr. 116/2006, um stjórn fiskveiða með síðari breytingum, og ákvæði reglugerðar nr. 440/2007, um úthlutun byggðakvóta til byggðalaga. Umboðsmaður tók fram að af þessum reglugerðum yrði ekki dregin sú ályktun að þær efnisreglur, sem þar kæmu fram um skiptingu og útreikning aflaheimilda til byggðarlaga eða um úthlutun byggðakvóta til einstakra fiskiskipa, hefðu átt að miðast við annað en fiskveiðiárið 2006/2007, en það hæfist 1. september 2006 og lyki 31. ágúst 2007, sbr. fyrsti málsl. 2. mgr. 3. gr. laga nr. 116/2006.
Umboðsmaður benti á að sjávarútvegs- og landbúnaðarráðuneytið hefði í meginatriðum sett fram fjórar röksemdir fyrir þeirri afstöðu sinni að það hefði haft viðhlítandi heimildir í lögum nr. 116/2006 til að mæla fyrir um það fyrirkomulag við úthlutun byggðakvóta sem fram kom í reglugerðum nr. 718/2007 og 1192/2007. Um fyrstu röksemdina tók umboðsmaður fram að hann gæti ekki fallist á þá afstöðu ráðuneytisins að ekkert kæmi fram í 10. gr. laga nr. 116/2006 um hvenær úthlutun byggðakvóta samkvæmt ákvæðinu skyldi fara fram eða að „einungis væri heimilt að úthluta byggðakvóta á grundvelli aflaheimilda innan viðkomandi fiskveiðiárs“. Umboðsmaður taldi að þessi afstaða væri í fyrsta lagi ekki í samræmi við texta upphafsmálsl. 1. mgr. 10. gr. laga nr. 116/2006 um að „á hverju fiskveiðiári“ skyldi ráðherra hafa til ráðstöfunar aflaheimildir sem næmu allt að 12.000 lestum af óslægðum botnfiski og hann gæti ráðstafað með þeim hætti sem nánar væri tilgreint í 1. og 2. tölul. 1. mgr. sömu greinar. Umboðsmaður vék einnig að þeim sjónarmiðum sem fram komu í lögskýringargögnum að baki 8. mgr. 10. gr. laga nr. 116/2006, sbr. 1. gr. laga nr. 21/2007, sem fjallaði um tveggja vikna frest til að kæra tilkynningu Fiskistofu um úthlutun eða höfnun umsóknar um úthlutun sem og tveggja mánaða frest ráðuneytisins til þess að kveða upp úrskurði í kærumálum. Réð hann af athugasemdum við 1. gr. í greinargerð er fylgdi frumvarpi því er varð að lögum nr. 21/2007 að ástæða þess að í lögunum væri kveðið á um sérstaka kæru- og úrskurðarfresti vegna úthlutunar byggðakvóta væri mikilvægi þess að fyrir lægi sem fyrst innan viðeigandi fiskveiðiárs hvernig aflaheimildir þær sem til úthlutunar koma skiptust. Í þriðja lagi taldi umboðsmaður að við nánari afmörkun á ákvæðum 10. gr. laga nr. 116/2006 um úthlutun byggðakvóta yrði að líta til þess samhengis sem þau stæðu í sem hluti af því fiskveiðistjórnunar- og aflamarkskerfi sem lög nr. 116/2006 kvæðu á um. Dró umboðsmaður þá ályktun af 3., 8, og 3. mgr. 11. gr. laga nr. 116/2006 að fiskveiðistjórnunar- og aflamarkskerfi laganna væri reist á þeirri meginhugsun að ákveðinn væri á hverju ári af hálfu ráðherra leyfður heildarafli í þeim tegundum sem nauðsynlegt væri talið að takmarka veiðar á. Frá þeim heildarafla væru m.a. dregnar þær aflaheimildir sem ráðherra hefði til ráðstöfunar á grundvelli 10. gr. um byggðakvóta.
Önnur röksemd sjávarútvegs- og landbúnaðarráðuneytisins laut að því að það hefði haft viðhlítandi heimild til að setja reglugerðir nr. 718/2007 og 1192/2007 í niðurlagsákvæði b-liðar 2. tölul. 1. mgr. 10. gr. laga nr. 116/2006. Af þessu tilefni tók umboðsmaður fram að með b-liðnum hefði löggjafinn gert ráðherra kleift að ákveða eftir atvikum að „aflaheimildum“ yrði „ráðstafað“ til þriggja ára í senn, þar sem slíkt fyrirkomulag yrði talið líklegra til „að stuðla að uppbyggingu í byggðarlögunum“. Umboðsmaður lagði áherslu á að 1. mgr. 10. gr., þar sem b-liðurinn kæmi fram, fjallaði ekki um „úthlutun byggðakvóta til einstakra fiskiskipa“ á grundvelli almennrar ákvörðunar ráðherra. Með hliðsjón af þessu taldi umboðsmaður að skilja bæri ákvæði 10. gr. laga nr. 116/2006 í ljósi orðalags þess, hugtakanotkunar og uppbyggingar á þá leið að það gerði ráð fyrir ákveðnu áfangaskiptu fyrirkomulagi þegar kæmi að ráðstöfun og úthlutun aflaheimilda í formi byggðakvóta. Þannig væri í lögunum sjálfum kveðið á um grundvallarreglur sem gilda skyldu um úthlutunina en ráðherra svo fengin heimild til að útfæra ákveðin atriði nánar með setningu reglugerða og birtingu auglýsinga. Umboðsmaður féllst því ekki á það með sjávarútvegs- og landbúnaðarráðuneytinu að framangreindur b-liður yrði skilinn það rúmt að hann veitti ráðherra samsvarandi heimild til að „úthluta aflaheimildum til einstakra skipa“, þ.e. í síðasta hluta hins þrískipta áfangaferlis sem leiddi m.a. af uppbyggingu 10. gr., þannig að skip gætu fengið úthlutað aflaheimildum, sem ráðherra hefði ráðstafað á einu fiskveiðiári, á því næsta og þá jafnvel til allt að næstu þriggja fiskveiðiára. Að virtu því sem hér er rakið var það niðurstaða umboðsmanns að ráðuneytið hefði ekki getað stutt setningu reglugerða nr. 718/2007 og nr. 1192/2007 við b-lið 2. tölul. 1. mgr. 10. gr. laga nr. 116/2006.
Þriðja röksemd sjávarútvegs- og landbúnaðarráðuneytisins fyrir því að framangreindar reglugerðir voru settar var sú að lög nr. 21/2007 höfðu verið lögfest svo seint á fiskveiðiárinu 2006/2007 að ráðuneytið hefði talið að sá tími sem þá var eftir af fiskveiðiárinu hefði ekki verið „nægilega langur til að undirbúa og framkvæma úthlutunina“. Það var niðurstaða umboðsmanns að ráðuneytið hefði ekki getað byggt setningu nefndra reglugerða á þessu sjónarmiði.
Loks laut fjórða röksemd ráðuneytisins að því að í framkvæmd þess hefði áður verið gerðar svipaðar ráðstafanir á grundvelli ákvæða í lögum sem sett væru til að tryggja svipaða hagsmuni og byggðakvótinn. Vísaði ráðuneytið í því sambandi til 4. gr. reglugerðar nr. 282/2007, um úthlutun aflaheimilda í þorski vegna tilrauna við föngun fisks til áframeldis og framkvæmd þess, þar sem heimild hafði verið veitt til að flytja umræddar aflaheimildir milli fiskveiðiára. Umboðsmaður taldi að þessi sjónarmið hefðu ekki þýðingu.
Með vísan til alls framangreinds var það niðurstaða umboðsmanns að 2. og 3. gr. reglugerðar nr. 718/2007 og reglugerðar nr. 1192/2007, sem fólu í sér að gerðar voru breytingar á úthlutunartímabili byggðakvóta fyrir fiskveiðiárið 2006/2007, að því leyti að úthlutun fór einnig fram á fiskveiðiárinu 2007/2008, hefðu ekki átt sér stoð í lögum. Umboðsmaður taldi, í ljósi þess að úthlutun byggðakvóta fiskveiðiársins 2006/2007 væri lokið og þess hvernig kvörtun A væri úr garði gerð, ekki tilefni til að beina sérstökum tilmælum til sjávarútvegs- og landbúnaðarráðherra í tilefni af framangreindri niðurstöðu hans. Úrlausn álitaefna um hvort og þá að hvaða marki sú framkvæmd við úthlutun byggðakvóta á fiskveiðiárunum 2006/2007 og 2007/2008, sem fjallað hefði verið um í álitinu, kynni að varða skaðabótum og þá að fullnægðum þeim skilyrðum sem sett væru fyrir skaðabótum hins opinbera, yrði að vera verkefni dómstóla, sbr. c-lið 2. mgr. 10. gr. laga nr. 85/1997, um umboðsmann Alþingis.