A ehf. kvartaði yfir málsmeðferð og ákvörðunum Fiskistofu og atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytisins vegna umsóknar félagsins um úthlutun byggðakvóta til fiskiskips í eigu félagsins á fiskveiðiárinu 2019/2020. Ráðuneytið hafði staðfest þá ákvörðun Fiskistofu að synja umsókn félagsins með vísan til þess að það hefði sótt um að skip þess fengi úthlutað af byggðakvóta Þ en skipið væri skráð á Z. Félagið hafði hins vegar byggt á því að augljós mistök hefðu verið gerð þegar sótt var um byggðakvóta með því að merkt hefði verið við rangt byggðarlag. Athugun umboðsmanns beindist að því hvort málsmeðferð og úrskurður ráðuneytisins hefði verið í samræmi við hlutverk þess sem æðra stjórnvalds gagnvart Fiskistofu við úthlutun af byggðakvóta til fiskiskipa. Jafnframt reyndi á hvort Fiskistofa hefði gætt að leiðbeiningar- og rannsóknarskyldu sinni við meðferð málsins.
Umboðsmaður benti á að þegar kærð væri úthlutun byggðakvóta væri gert ráð fyrir því í lögum um stjórn fiskveiða að ráðuneytið gæti m.a. breytt ákvörðunum Fiskistofu um úthlutun í því byggðarlagi sem kæra beindist að, enda leiddi annað ekki af lögum. Samkvæmt lögunum hvíldi sú skylda á ráðuneytinu, ef kæruskilyrði væru uppfyllt, að meta þegar í upphafi hvort ástæða væri til að fresta úthlutun til skipa í því byggðarlagi sem kæra lyti að. Jafnframt yrði ráðuneytið að leysa úr slíkum kærum svo fljótt sem unnt væri og að minnsta kosti innan þeirra tveggja mánaða sem mælt væri fyrir um í lögum.
Umboðsmaður taldi að ráðuneytinu hefði borið að taka afstöðu til þess hvort ástæða væri til að fresta úthlutun til skipa á Z samkvæmt ákvörðun Fiskistofu vegna kæru A ehf. og í kjölfarið hvort tilefni væri til að breyta þeim ákvörðunum þannig að fiskiskipi félagsins yrði úthlutað af byggðakvótanum. Það hefði hins vegar ekki verið gert. Raunar yrði ekki ráðið að ráðuneytið hefði yfir höfuð metið hvort tilefni væri til að fresta úthlutun byggðakvóta, auk þess sem málsmeðferð ráðuneytisins hefði tekið sjö mánuði. Þá hefði ráðuneytið ekki fjallað um þær kröfur sem sem kæran hefði byggst á. Það var því niðurstaða umboðsmanns að málsmeðferð og úrskurður ráðuneytisins hefði hvorki verið í samræmi við fyrirmæli laga um stjórn fiskveiða né kröfur sem leiða af stjórnsýslulögum um form og efni úrskurða í kærumálum. Umboðsmaður taldi enn fremur að Fiskistofu hefði borið að kanna hvort A ehf. hefði í raun og veru ætlað sækja um að fiskiskip þess fengi úthlutað af byggðakvóta Þ en ekki Z og eftir atvikum leiðbeina félaginu um þetta atriði. Þar sem það hefði ekki verið gert hefði málsmeðferðin ekki samrýmst rannsóknar- og leiðbeiningarskyldu stofnunarinnar.
Að lokum vék umboðsmaður að hugsanlegu misræmi milli ráðagerðar í lögskýringargögnum og lagaframkvæmdar að því er varðaði heimild ráðuneytisins til að fresta úthlutun byggðakvóta til fiskiskipa í heild eða að hluta í tilefni af stjórnsýslukæru í því byggðarlagi sem kæran varðaði. Umboðsmaður taldi því tilefni til að vekja athygli Alþingis og ráðherra á þeirri lagaframkvæmd sem málið bæri vitni um. Hann beindi því jafnframt til ráðuneytisins að metið yrði hvort unnt væri að rétta hlut A ehf. og að ráðuneytið og Fiskistofa tækju framvegis mið af þeim sjónarmiðum sem væru rakin í álitinu.
Umboðsmaður lauk málinu með áliti 21. júní 2021.