Isavia ohf. leitaði til umboðsmanns Alþingis og kvartaði yfir úrskurði úrskurðarnefndar umhverfis- og auðlindamála frá 10. ágúst 2018 í máli nr. 151/2016. Samkvæmt úrskurðinum var álagning gjalds vegna heilbrigðis- og mengunarvarnaeftirlits á Keflavíkurflugvelli fyrir árið 2016 staðfest nema að því er varðaði lítinn hluta gjaldsins. Kvörtunin beindist einkum að niðurstöðu nefndarinnar um fjárhæð tímagjalds samkvæmt gjaldskrá og ákvörðun um tíðni og umfang eftirlits.
Umboðsmaður benti á að samkvæmt viðkomandi gjaldtökuheimild hefði verið heimilt að innheimta gjald fyrir eftirlitsskylda starfsemi. Aftur á móti féllst hann ekki á forsendur að baki niðurstöðu nefndarinnar sem byggðu í því sambandi á að tiltekið ákvæði hefði ákveðna þýðingu við skýringu gjaldtökuheimildarinnar. Þá vakti umboðsmaður athygli á að nokkuð væri á reiki hvernig fjárhæð tímagjaldsins hefði verið ákveðin, þ. á m. væru ekki útreikningar eða áætlanir sem sýndu fram á það. Málið hefði því ekki verið nægilega upplýst til að nefndin gæti úrskurðað um lögmæti fjárhæðar tímagjaldsins. Hefði verið tilefni fyrir nefndina til að kalla eftir nánari upplýsingum og taka að svo búnu rökstudda afstöðu til forsendna að baki ákvörðunar tímagjaldsins. Gæti þá einnig komið til álita hvaða þýðingu það hefði ef eftirlitið legði ekki fram viðhlítandi gögn.
Umboðsmaður benti á að ákvörðun um tíðni og umfang eftirlits hefði byggst á fagþekkingu Heilbrigðiseftirlits Suðurnesja á sviði heilbrigðis- og mengunarvarna. Af þeim sökum og í ljósi stjórnsýslulegrar stöðu eftirlitsins sem stofnunar sveitarfélaga var fallist á með nefndinni að eftirlitið hefði haft svigrúm til að meta og ákveða þörf á eftirliti með starfsemi Isavia ohf. á Keflavíkurflugvelli. Umboðsmaður tók fram að nefndinni hefði engu að síður borið að endurskoða það mat sem hefði legið til grundvallar hinni kærðu stjórnvaldsákvörðun og gilti þá einu þótt slík endurskoðun krefðist sérfræðiþekkingar. Taldi umboðsmaður að ástæða hefði verið fyrir nefndina að gæta þess betur að til grundvallar úrlausn hennar lægi viðhlítandi sérfræðiþekking. Umboðsmaður gerði jafnframt athugasemdir við sjónarmið sem mat nefndarinnar á lögmæti ákvörðunar heilbrigðiseftirlitsins um tíðni og umfang eftirlits byggðist á.
Það var álit umboðsmanns að úrskurður nefndarinnar hefði ekki verið í samræmi við lög, bæði að því er laut að málsmeðferð og niðurstöðu hennar um fjárhæð tímagjalds fyrir heilbrigðis- og mengunarvarnaeftirlit á Suðurnesjasvæði sem og tíðni og umfang eftirlitsins á Keflavíkurflugvelli. Beindi hann því til nefndarinnar að taka málið til meðferðar að nýju, kæmi fram beiðni þess efnis frá Isavia ohf., og að hún leysti þá úr því í samræmi við þau sjónarmið sem hefðu verið rakin í álitinu. Jafnframt beindi hann því til nefndarinnar að taka framvegis mið af þessum sjónarmiðum.
Umboðsmaður lauk málinu með áliti 13. september 2021.