Þegar kvörtun berst umboðsmanni Alþingis er málsmeðferðin sem hér segir:
- Fyrst skoðar umboðsmaður hvort kvörtun uppfyllir skilyrði laga til að vera tekin til athugunar og metur hvort tilefni er til þess. Það er almennt gert innan fjögurra vikna. Ef kvörtunin er ekki tekin til athugunar er þeim sem kvartaði sent bréf með skýringum.
- Ef kvörtun er tekin til athugunar er viðkomandi stjórnvaldi sent bréf þar sem óskað er eftir upplýsingum og stundum einnig gögnum eða skýringum. Stjórnvaldið fær yfirleitt 2–6 vikna frest til að svara. Sá sem hefur kvartað fær afrit af bréfinu.
- Ef skýringar berast frá stjórnvaldi fær sá sem hefur kvartað að jafnaði möguleika á að tjá sig um þær. Almennt afhendir umboðsmaður ekki gögn sem berast frá stjórnvaldi. Ef sá sem hefur kvartað telur sig eiga rétt til aðgangs að gögnunum þarf hann að óska eftir þeim hjá stjórnvaldinu sjálfu.
- Þegar svör hafa borist frá stjórnvaldi og eftir atvikum athugasemdir frá þeim sem kvartaði ákveður umboðsmaður hvernig málinu lýkur. Stefnt er að því að niðurstaða liggi fyrir eigi síðar en þremur mánuðum eftir að síðustu svör eða athugasemdir berast. Vegna mikils fjölda mála sem umboðsmaður hefur til meðferðar tekur það þó oft lengri tíma. Málum lýkur á tvenns konar hátt:
- Ef umboðsmaður telur ekki tilefni til athugasemda lýkur málinu. Sá sem hefur kvartað fær þá bréf um það.
- Ef umboðsmaður telur tilefni til athugasemda eru þær settar fram í formlegu áliti, eftir atvikum ásamt tilmælum til stjórnvaldsins. Álitið er bæði sent þeim sem kvartaði og stjórnvaldinu.
Niðurstöður umboðsmanns eru almennt birtar á vef embættisins. Þar eru nöfn og önnur persónuauðkenni afmáð. Í ársskýrslu umboðsmanns er einnig fjallað um niðurstöður sumra mála og þá án persónuauðkenna.